Pixel Jumper sigue la fórmula de Mario —correr, saltar, aplastar enemigos, recoger monedas, llegar a la bandera—, pero cada nivel lo construye de nuevo un generador procedural en lugar de estar diseñado a mano, así que no hay una secuencia fija de niveles que memorizar o consultar. En cada disposición generada se mezclan diez arquetipos distintos de enemigos.

Tienes tres corazones por intento. Caer en un foso cuesta un corazón y reinicia el nivel actual desde el principio; la partida solo termina cuando se acaban los tres corazones. Los controles se adaptan solos: aparecen botones táctiles en los móviles y el teclado en el ordenador.

Los niveles recorren seis temas visuales —pradera, desierto, nieve, noche, caramelo y volcán—, cada uno con su propia melodía chiptune en bucle y sus efectos de sonido, todo sintetizado en directo con la API Web Audio. Los tomates son el gran igualador: los enemigos con pinchos y los fantasmales, que no se pueden aplastar, sí se pueden manchar, y hay cajas de munición con tomates extra repartidas por cada nivel.

A pesar de su aspecto plano y de bloques, todo el juego se dibuja con Three.js en lugar de un canvas 2D: un motor 3D usado deliberadamente para dibujar un juego de plataformas de estilo 2D, con colinas con paralaje, ráfagas de partículas y animación de aplastar y estirar.