Pixel Jumper следует формуле Марио — бежать, прыгать, топтать врагов, собирать монеты, добраться до флага — но каждый уровень заново строится процедурным генератором, а не спроектирован вручную, поэтому запоминать или искать прохождение фиксированной последовательности уровней бессмысленно. В каждый сгенерированный уровень подмешиваются враги из десяти разных архетипов.

На попытку даётся три сердца. Падение в яму отнимает одно сердце и перезапускает текущий уровень с начала — забег заканчивается, только когда потрачены все три сердца. Управление подстраивается автоматически: на телефонах появляются сенсорные кнопки, на компьютере — клавиатура.

Уровни перебирают шесть визуальных тем — луг, пустыня, снега, ночь, сладости и вулкан — и у каждой своя зацикленная чиптюн-мелодия и звуковые эффекты, синтезируемые на лету через Web Audio API. Помидоры — великий уравнитель: колючих и призрачных врагов, которых нельзя растоптать, всё ещё можно зашмякать, а запасы помидоров разбросаны по каждому уровню.

Несмотря на плоскую, блочную картинку, вся игра отрисована через Three.js, а не через 2D canvas — 3D-движок здесь используется намеренно для платформера в 2D-стиле, с параллакс-холмами, вспышками частиц и анимацией сжатия-растяжения.