Pixel Jumper 沿用了马里奥的公式——奔跑、跳跃、踩扁敌人、收集金币、到达旗帜——但每个关卡都由程序化生成器重新构建，而不是手工设计，所以没有需要记忆或查阅的固定关卡顺序。每个生成的布局中都混合了十种不同类型的敌人。

每次尝试你有三颗心。掉进坑里会失去一颗心，并从头重置当前关卡；只有当三颗心全部用完时游戏才会结束。控制会自动适应：手机上出现触屏按钮，电脑上使用键盘。

关卡贯穿六种视觉主题——草原、沙漠、雪地、夜晚、糖果和火山——每一种都有自己循环播放的芯片音乐旋律和音效，全部通过 Web Audio API 实时合成。番茄是最大的平衡器：带刺的和幽灵般不能被踩扁的敌人可以被砸中，并且每个关卡里都散落着装有额外番茄的弹药箱。

尽管外观是扁平的方块风格，整个游戏都用 Three.js 而不是 2D 画布绘制：特意使用 3D 引擎来绘制 2D 风格的平台跳跃游戏，带有视差山丘、粒子迸发和挤压拉伸动画。